A Igreja de São João Baptista localiza-se na cidade de Beja, em Portugal. Possui uma fachada renascentista e um interior barroco, com altares em talha dourada. Foi construída no século XVI, originalmente como igreja da Ordem dos Cavaleiros de Malta. No século XIX, foi remodelada e passou a ser paróquia. Na década de 1950, foi realizada uma ampliação que adicionou uma nave lateral e um coro. A igreja apresenta ainda peças de arte sacra, como a imagem de São João Baptista em madeira, do século XVI.