A Igreja de São Tomé é uma pequena igreja localizada na aldeia de Penalva de Alva, no distrito de Coimbra, em Portugal. Acredita-se que tenha sido construída no século XIII, embora algumas fontes sugiram que sua construção possa ter ocorrido mais tarde, no século XVI. A igreja é construída em pedra, tem uma nave única e um retábulo barroco. O retábulo é composto por três corpos, com pinturas representando a Vida de São Tomé, o santo protetor da igreja. Há também uma capela dedicada a Nossa Senhora do Rosário. A Igreja de São Tomé é considerada um monumento de interesse histórico e cultural em Portugal, sendo um importante destino turístico para aqueles que estão interessados na arquitetura religiosa e na história da região de Coimbra.