A Igreja de São João Baptista fica localizada na freguesia de Atouguia, na cidade do Funchal, na ilha da Madeira em Portugal. Foi construída no século XVII e é um belo exemplar de arquitetura barroca. No interior, há pinturas do artista português Francisco de Zurbarán, que é considerado um dos maiores pintores barrocos espanhóis. A igreja também possui uma rica coleção de arte sacra, incluindo peças de ourivesaria e santos em madeira policromada. O edifício foi restaurado recentemente e é um ponto turístico importante na região.